Skip to content

Ekspresja mikroRNA w cytogenetycznie normalnej ostrej białaczce szpikowej ad

2 months ago

495 words

Przeanalizowaliśmy komórki białaczkowe od tych pacjentów, aby uzyskać sygnaturę ekspresji mikroRNA związaną z wynikiem klinicznym. Pięćdziesiąt pięć podobnych pacjentów włączonych do badania CALGB 962115 stanowiło grupę walidacyjną. (Szczegółowe informacje na temat schematów leczenia w tych dwóch badaniach znajdują się w Dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org). W okresie 5 lat 119 pacjentów poddanych analizie genetycznej i 19 pacjentów, których nie uwzględniono w analizie z powodu braku odpowiednich próbek, miało podobne przeżycie bez zdarzeń (odpowiednio 25% i 32%, P = 0,95), choroba -wolne przeżycie (31% i 38%, P = 0,85) i całkowite przeżycie (31% i 35%, P = 0,97) (Tabela Dodatku Uzupełniającego).
W centralnym miejscu dokonaliśmy przeglądu wyników wstępnych analiz cytogenetycznych i określiliśmy stosunek alleliczny między FLT3-ITD a mutacjami FLT3 typu dzikiego, NPM1 i ekspresją ERG oraz genu cytoplazmatycznego mózgu i ostrej białaczki (BAALC), jak opisano wcześniej. .6,7,16-19 Protokoły leczenia i badania cytogenetyczne i molekularne zostały zatwierdzone przez instytucjonalną komisję rewizyjną w każdej uczestniczącej instytucji CALGB, a pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich pacjentów przed rejestracją.
Rysunek 1. Rysunek 1. Przegląd strategii eksperymentalnej w grupie szkoleniowej i grupie walidacyjnej. Panel A pokazuje podejście do opracowania i weryfikacji sygnatury mikroRNA, które było związane z przeżyciem bez zdarzeń u pacjentów z cytogenetycznie prawidłową ostrą białaczką szpikową z cechami molekularnymi wysokiego ryzyka. Panel B pokazuje strategię opracowania sygnatury ekspresji genów, która była związana z sygnaturą mikroRNA i wyjaśnienia jej cech biologicznych.
Rysunek ilustruje strategię, której używaliśmy do wyprowadzenia i potwierdzenia sygnatury mikroRNA powiązanej z wynikiem klinicznym oraz do wyjaśnienia jej związków biologicznych za pomocą profilowania ekspresji genów. Klinicznym punktem końcowym tej analizy było przeżycie bez żadnych zdarzeń, które zdefiniowano jako przerwę między zapisaniem do badania a usunięciem z badania ze względu na brak całkowitej remisji, nawrotu lub zgonu z jakiejkolwiek przyczyny, z danymi ocenzurowanymi dla pacjentów, którzy nie ma zdarzenia podczas ostatniej wizyty kontrolnej.
Ekstrakcja RNA i hybrydyzacja wiórów
W celu profilowania ekspresji mikroRNA, biotynylowane komplementarne DNA pierwszej nici zsyntetyzowano z całkowitego RNA wyekstrahowanego z komórek szpiku kostnego i komórek jednojądrzastych przed leczeniem i hybrydyzowano z mikromacierzami microRNA.10 Uzyskano obrazy mikromacierzy microRNA, 10 oraz obliczenia, normalizacji i filtrowania. intensywności sygnału dla każdej plamki mikromacierzy i dopasowania partii (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Łącznie sonda 305 mikroRNA spełniła kryteria filtrowania dla grupy treningowej i została uwzględniona w kolejnych analizach. W celu profilowania ekspresji genów próbki RNA analizowano za pomocą Affymetrix U133 plus 2,0 GeneChips (Affymetrix) .5,7
Analiza statystyczna
Sygnatura mikroRNA została opracowana przez wykonanie jednozmiennej analizy regresji Coxa, która oceniła związek między wartościami ekspresji skorygowanej o porcje każdej sondy mikroRNA i przeżyciem bez zdarzeń w grupie treningowej.
[hasła pokrewne: rodzaje lekarzy i czym się zajmują, czy suplementacja jest ważnym elementem diety i treningu, zostań dawcą szpiku ]

Powiązane tematy z artykułem: czy suplementacja jest ważnym elementem diety i treningu rodzaje lekarzy i czym się zajmują zostań dawcą szpiku